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不远的未来。
比现在稍微发达一些赛博科技的未来。
住在贫民窟的如月士郎，是拥有特殊力量的人类。
知道那股力量的只有政府的一部分人。
特殊力量，就是将数字物体在现实中立体化的力量
拓扑幽灵。
通称TG。
TG是政府极秘推进的研究之一，
士郎与姐姐亚希，以及弟弟仁三人作为该研究的
实验体协助着实验。
但是，由于研究中的事故导致项目中止，
姐姐卷入事故死亡，仁也在事故后下落不明。
从研究设施中被释放出来的士郎，
在贫民窟过起了自甘堕落的生活。
就在这样的某一天，突然遇到与姐姐相似少女的士郎，
被卷入了新的事件之中……