拥有罕见强大力量的巫女姐妹“伊西卡(イシカ)”与“霍诺里(ホノリ)”。为了调伏威胁施政的荒神及其眷属，“国立全国巫女派遣委员会”将获得掌管森罗万象的八百万神庇佑的巫女们派遣到了岛国各地。隶属于该委员会的双胞胎姐妹伊西卡与霍诺里虽然拥有罕见的巫力，但由于年轻且经验不足而无法驾驭力量，需要优秀的灵媒阿拉卡(アラカ)来控制巫力，总是以三人一组的形式进行调伏。
于是，她们不仅调伏荒神失败，还失去了所有的巫力，连驱使的式神也一并解放了。
奉委员会之命，三人继续进行式神回收与再次调伏荒神的任务。于是，她们的崭新旅程开始了。
