忍者超级动作！故事背景设定在日本南北朝时期，即镰仓幕府崩溃后、室町幕府建立前的动荡时期。
在游戏开始时，你必须从两名角色中选择一位，并决定你是支持北朝还是南朝。根据你在整个游戏过程中的行事方式，你将主动改变游戏的命运。
选择南朝，你将成为八尋(Yahiro)，一个贵族家庭中最年幼的成员，受命寻找并获取神明流传下来的三件神器。选择北朝，你将成为朧(Oboro)，来自 Fuga 一族的忍者，受命暗杀南朝皇帝。
对这两名角色生活在动荡时代的激烈刻画，以及你所面临的种种谜团，让这一切都物超所值。此外，地图和事件中到处都是战斗，激烈程度燃烧得更加炽热。
