三种力量（愿望）编织着思念……
星震战争——
这是过去一场发生在由星煌教会领导的人类与魔眷属（Diablo）之间的、惨烈到了在后世被流传为“震动了天上星”的战争。
在那场战争中，人类勉强取得了胜利。其中有人死去，有人受伤，还有人成为了英雄。知道成为英雄之人在这之后的事迹之人寥寥无几。英雄中的其中一人虽然曾经使某一个国家振兴，但那个国家最终因为内乱而瓦解。
然后，时光飞逝——至今。
鲁因斯特拉(ルインステラ)学园。坐落于星皇所统治的魔法世界·林斯威尔(リーンスヴェル)共和国首都·鲁巴路(ルヴァール)的这座学园，作为与星煌教会相关的教育机关，是一座面向国内外众多学生的名门学校。
入学于这个学园的，（除了是魔法领域的差生这一点以外）极其普通的一个学生“和真·布瑞德(カズマ·ブリード)”。
某一天，他偶然发现了藏匿于学园中的3座MAGI（贤者）之像。这不会就是自古以来流传于学园传说之中的能够赐予人“伟大的力量”、“无垢的灵魂”以及“永远的生命”的奇迹的神造之物吧。这么想着，和真不知不觉中将嵌在各自贤者之像中的3颗宝珠取了出来。
在那瞬间。
宝珠被吸入主人公的身体，从破碎四散的贤者之像中出现了3个女孩。
然后3座贤者之像所包围着的空间发生了扭曲，出现了……4，……5，……6个带有不详气息的影子。其中的一个影子袭击向和真。
3个女孩中唯一一个觉醒了的女孩与和真合力万分惊险地打败了影子，可是却被它逃走。女孩也气息奄奄。
据其所说，失去了借以维持身体的宝珠的力量的她，只有通过与吸收了宝珠之人订立“契约”才能继续存在下去。
一点点地交换了“暂时契约”之仪式的和真，因为内疚于夺取了宝珠之事，决定与三个女孩“缪(ミュー)”·“维娜(ヴィナ)”·“莉兹(リズ)”一起踏上打倒影子之途。
