距离现在并不遥远的未来。为了寻找解决人口增长导致的粮食问题的方法，各国都在向科学研究投入巨额预算，以期在尽可能有限的时间和能量下增加每一份质量。结果，第119号及之后的新元素被接连发现和创造出来，最终，东京一位名叫Hikojuro Araki的天才科学家成功创造出了第256号元素Araraginium，这是一种能从无到有创造一切存在的梦幻元素。
然而，就在世界上首次创造Araraginium的实验刚刚开始的瞬间，由于一场意外事故，它扩散到了整个东京并消失了。
几天后，令人震惊的事件突然在东京各地开始发生；那些被认为已经死去的人们开始重新回到生者的世界，仿佛他们从未死过，一次也没有。他们都保留着死前的记忆，而实际上，他们都是在事故发生前72小时至事故发生这段时间内去世的人。
由于与这场事故的关联，这些人被称为Araragi Human。
这个故事发生在此次事件的几年后的东京……
