ココロネ=ペンデュラム！

主人公“小町谷总司郎”变得“能读懂人心”了。
这种力量是大约30年前在日本开始发生的被称为“玛吉亚”的力量之一。
是能引起多种多样现象的所谓超能力。
通常这些能力会在少男少女经过数日沉睡后萌发，
而他则是花了两年这样过长的时间才获得的。
而且不仅无法随心所欲地使用，还会引发头痛，是个没用的废柴能力。
他想要消除这种能力，于是决定进入聚集了能力者的最尖端学术研究都市
“静之海学园”就读。

然而在转学第一天就卷入了事故，
他第一次见到了自己以外的玛吉亚。
治愈濒死重伤的奇迹之力，
以及使用这种力量的少女“神代澄香”，
让他移不开目光。

——我也能变得像她那样吗——

进入学园的他与“带刀千早”“绫森莉露”“馆之川螺”，
以及学年变高了的学园最强能力者的妹妹“菜砂”等
少女们一起学习如何使用玛吉亚。