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故事舞台为2037年的东京・中野。主角高冈步论与好友弓川十字搭档从事着黑客工作，在这片自2036年2月6日的世界级巨大灾害“哀伤之晨”中幸存之地生活。

在这样的日子里，某天出于一些琐碎细故，步论脱口跟大家宣告说他约好了要与人“私奔”，但其实根本只是信口胡说。没想到，原本预期不会有人出现的步论，却在会合地点邂逅了一位神秘少女“桃”。

随后，神秘的袭击者紧追着桃现身。

正当步论与桃上演着绝地大逃亡之际，他取得了一个神秘的应用程式“存档＆读档”，获得能像电玩游戏那样将特定时刻存档重新来过的能力，两人也因此逃出了生天。然而，这一切却只不过是连串事件的开端……

神秘的天才黑客“Cicada3301”与其抛出的各式无解“任务”；
“垓机关”唤醒了本已冻结的地球模拟器；
以及私下谋划策动的梵蒂冈“513圣务室”派出的刺客阵。

在与桃的邂逅之后，步论被卷入了各方错纵的阴谋与企图之中，挺身而出面对撼动整个世界的大事件。

发挥黑客之力与“存档＆读档”等一切之后，方能在彼端看见的真相是？

“黑进”无限分歧的现实世界，“读档”找出拯救世界的结局吧！

这是一段改写未来的“黑客”们的故事。