2008年，东京——。
拥有绝大政治权力、进行着超法规活动，其实态与目的却笼罩在谜团之中的研究机构『古痕』。在这个汇聚了各领域杰出人才的组织中，有一位格外引人注目的研究者。他的名字叫津名川宗慈。精通基因工程、从事战斗用仿生人研究的他，其知识的深度与鲜明，仿佛『从一开始就知道答案』一般。
在研究阶段被创造出来，并被命名为艾玛、沙友、透花的三名少女，因为被追加了第24对基因而被称为『Extra』。他与她们表面上看似平稳的日常，以与入侵研究所的不明军事机器人的战斗为契机发生了变化。
跨越各种事件，逐渐明朗的计划全貌与各自的真实目的，以及与Extra相关的人们的悲伤过去。得知Extra作为兵器的性能后，军方开始暗中活动。基于独自的正义行动的公安无编号特工『荒山鸟人』。对津名川燃起竞争意识的另一位Extra开发者『高宫艾伦』。
在交错的人们的心思中不断加深的谜团。……『古痕』、『Origin』、以及『Babel』究竟是什么……。无处安放的诸多矛盾如多米诺骨牌般加速，故事将一切卷入其中，向着终焉攀升……。
