为了治愈因战争而荒废的人心，日本将宗教列为了义务教育。
此后数十年，日本成为了入信率高达99%的宗教大国，诞生了众多宗教，其中也出现了为了获取信徒而进行违法行为的团体，以及被犯罪组织当作隐身蓑衣加以利用的宗教，成为了社会问题。
日本国政府将事态视为严重问题，决定为所有宗教所奉的神明排定序列，选出神明之中的神明“神王”，并在其麾下统一所有宗教——。
能够使用治愈他人伤痛的不可思议之力“神通力”的主人公真舟伊月，在过去曾救过的青梅竹马冰野水乃（氷野水乃）的强行监禁，亦或是说服之下，被塑造成了以满是巫女的女学园为本山的巫女之杜的“巫女神”，并参加选出神王的战斗——神王祭祀。
伊月使用运用神通力的召唤术唤出守巫女，与其他宗教的神明们战斗。
