《世界终结症候群》讲述了一名试图逃避不堪回首的过去的17岁高二学生的故事。在导致了一场致使姐姐丧生的事故后，他收到了转入御影高中的邀请。他满怀感激地接受了，希望能开始新的生活并忘记过去。
但御影町并非表面上看起来的那样是个海滨天堂。这里是黄泉人传说的发源地，传说死者每100年会复活一次。一旦复活，黄泉人就会袭击活人以恢复理智，但死者的渴望永远无法得到满足。今年恰好距离上一次已知的事件过去了100年……
当主人公与一群性格各异的新朋友一起度过新生活时，御影高中的一名学生突然死亡。这起谋杀案在这个田园诗般的小镇引起了轩然大波，他发现自己卷入了一连串的离奇事件、浪漫爱情和难忘的夏日体验之中……
