故事讲述了马里奥等人为了拯救世界而展开冒险，这在其他作品中也能见到类似的内容。虽然夹杂着搞笑元素，但本作的故事情节比《纸片马里奥RPG》更加沉重黑暗。此外，还出现了以“御宅族”、“自然与文明人的共存”、“死后世界”等为题材的章节，整体故事以“爱”为主题，作为《马里奥》系列而言，展开了非常异质的故事情节。契合主题，作为关键道具的“纯心”也不是星星形状，而是心形的。
由于舞台是不同于马里奥等人世界的另一个次元，世界观也与其他系列有很大不同。举例来说，作品中登场的古代人民与其说是魔法师，不如说更具有炼金术师的意味；妖精是古代人民人工创造的活体工具；为了保卫纯心而使用机器人（ズンババ）等，古代的超古代科技构成了故事的背景。