主人公最近刚和同班同学美穗(美穂)开始交往。青梅竹马的沙耶香(さやか)为两人牵线搭桥。每天早上，主人公在公园的大树下与美穗会合，一起上学。在公园相遇时，美穗总是像祈祷一样仰望天空。虽然没问过她在想些什么，但她就像举行仪式一般，仰望天空。
美穗、沙耶香，以及朋友幸纪。与关系要好的三人一同度过的平稳校园生活。与美穗的关系也正要一点点加深的那一天。美穗忽然消失了。早上，美穗没有出现在约好见面的公园，取而代之的是一个至今从未见过的少女——美沙(美沙)走了过来，用亲近的口吻搭话。主人公一边困惑一边与她交谈。美沙似乎把主人公错当成了自己的家庭教师。说着“今晚也请多关照”之类的话。然而，这不可能。自己不可能在当一个刚刚才第一次见面的人的家庭教师……
然而。无论在学校还是家里，都没有美穗的身影。岂止是不在，美穗被设定为在小时候就已经去世了。取而代之的是妹妹美沙的存在，主人公被设定为在当她的家庭教师……在这个世界里，除了沙耶香和幸纪以外的人，甚至都不记得美穗的事。到底发生了什么？正在发生着什么？
得知自己转移到了一个谁都不记得美穗、但除此之外毫无变化的世界后，主人公与同样转移过来的沙耶香、幸纪一起，借助校医绫子老师的力量，寻找恢复原状的方法。然而，不知为何，随着日子一天天过去，自己记忆中与美穗的回忆正在逐渐消失。
三人渐渐被没有美穗的世界所同化。（自己是不是迟早会完全忘记美穗的事？）主人公感到焦急。然而，回到原来世界的方法依然未知。美沙一心一意地仰慕着主人公。与美穗的记忆不断减少成正比，与美沙的回忆持续增加。不久，沙耶香一直压抑着的对主人公的感情也开始奔涌而出。
接着，谜之少女榊司(榊 つかさ)出现了。她向主人公宣告。“将思念献给天空吧。”是回到有美穗的原来世界？还是顺应“这一边”的世界？要与谁一同生活？主人公做出了选择。
