时间是2162年。这是存在于与我们熟知的世界走上不同道路的次元中的近未来日本。
曾是先进国的日本，受到全球经济衰退的波及和资本主义的困境影响，其经济陷入了停滞。
另一方面，邻国新兴的贝拉西亚·卢拉西亚以廉价劳动力为武器繁荣发展，暗中部署地下侵略军，企图进一步入侵日本。
而曾是友好国的纽兰，自从卢拉西亚裔纽兰人总统就任后，也开始在背后出现可疑的动向。
日本处于受到这三个国家施压的状态。
此外，50年前的大地震导致医学生物研究所发生事故，泄漏的病毒使动物发生变异，这些变异生物"怪物"大量繁殖。
曾是日本繁荣象征的地下都市，以及连接各国陆路的大陆间桥梁、大陆间隧道的崩塌。
长期持续的经济恶化使这些建筑连修复的迹象都看不到，与邻国的边境线上甚至爆发了冲突。
而地下都市和大陆间隧道成为了怪物的温床，附近居住区的怪物○○事件从未停止。
为了打破这一危机状况，国土交通省成立了"地下保安厅"。
在大阪都居住区设立了地下治安总部，组建了治安部队，并在其中创立了以清除怪物为目的的特殊部队"α小队"。
隶属于地下保安厅地下治安总部治安部队"α小队"的主人公与仿生人们，壮烈而悲伤的故事就此开始……