玩家操作《新世纪福音战士》正篇的登场角色之一（初期设定仅为碇真嗣(碇シンジ)。通关剧本后玩家角色会逐渐增加），与人对话、进食、排泄，并与使徒进行战斗。这是一款以作为人气作品的登场人物之一在那个世界中生存下去本身为目的的游戏，除了与使徒的战斗之外，并不存在什么“非做不可的事”。
PSP版中初期角色为真嗣、零(レイ)、明日香(アスカ)3人，可游玩4个剧本。
庵野AI
对剧本展开产生重大影响的AI。始终监视并影响整个世界，甚至会影响到使徒出现的时机以及出现的使徒究竟是什么。可以说是这款游戏中的“神”的存在。因其以庵野秀明的思考为原型而得名。
AI与记忆
每个角色都有基于AI的行动设定，在受到游戏中发生之事的记忆影响下采取行动。记忆力的范围与倾向因角色而异，是根据年龄和角色形象等设定的。
日常生活
虽然有时会为每个角色设定必须达成的目标，但并非绝对必须达成的目标。经过一定期限后即可到达结局，但在那种情况下将迎来由人类补完计划进行补完的结局。但是，如果不达成目标迎来该角色固有的结局，就会受到可游玩角色不会增加等限制。
玩家在度过日常生活时，需要注意每个角色的各项参数（空腹感、口渴感、清洁感、尿意、睡意）。此时存在一个名为“A.T”的数值，该数值越高心情越高涨，能够以更加愉快的氛围与其他角色搭话，或是采取平时无法做到的行动。A.T主要通过做好事，或者被做好事来上升（送礼物给对方使其高兴、被邀请吃饭等）。如果是EVA驾驶员，A.T的高低将直接关系到EVA的攻击力和防御力，因此平时最好保持较高水平，但如果固定在较高的A.T.，能做的事情就会受限，反而会使游玩变得单调。
战斗
使徒来袭时，即使在日常生活中也会转移到战斗场景。使徒与原作相同，但最初登场的萨基尔(サキエル)之后，顺序与本篇不一致（第二周目以后的游玩，包含萨基尔在内顺序将完全随机）。此外，在战斗中被破坏的城市很难恢复。当玩家是真嗣等EVA驾驶员角色时，要在美里(ミサト)的指示下（雷达无法覆盖整个城市，只有在与友方接触、战斗等情况下才会断续显示）操纵自机与使徒战斗并将其击破。如果自机被使徒破坏，重伤、轻伤的情况下会住院，最坏的情况下会死亡。如果零死亡，只要不是玩家角色就会被视为“重伤”，会有另一个人被送来。如果是玩家角色则游戏结束。
当玩家是美里时，要根据断续显示的使徒信息引导EVA驾驶员等人，将其击破。此外，战斗后还有根据第三新东京市的受害情况进行检讨书的处理、向日本政府请求EVA和城市的修理费用等事务处理工作。如果疏忽这些，就会产生武装大楼损坏后无法运作等故障，导致与使徒的战斗变得不利。
在游玩与战斗不太相关的角色（如加持等）时，仅以战果报告结束。此时如果EVA驾驶员的A.T处于极低状态，或是驾驶员住院导致EVA无法出击的状态下使徒出现，有时会被判定为败北，迎来发生第三次冲击的结局。
机密信息
明文记载了福音战士的世界设定以及与之相关的谜团，通过获取信息可以填满机密信息列表。这些谜团是从庵野秀明导演的采访内容中总结出来的，在GAINAX的监修下收录的。基本上多为与相关书籍中提及的初期设定等相符的内容。根据角色不同，有时收集一定数量以上的机密信息会成为通关剧本的条件。
