结城友奈(結城友奈)等赞州中学勇者部的六人，某天在社团活动中被不可思议的光芒包围。
回过神来，世界已化作树海，Vertex袭来。不知为何，本应不再需要的变身应用回到了手中。
虽然感到困惑，但在击退了Vertex的友奈等人面前，出现了一位自称“上里日向(上里ひなた)”的女性。据日向所说，这里是神树内部的“特别的世界”。神树是土地神的集合体，但其中强大的一体似乎发起了叛乱，正在破坏内部。刚才的Vertex，似乎就是那造反神制造的赝品。
如果土地神四分五裂，神树就会大幅失去其力量。面对这一重大危机，神树将所有时代的勇者聚集到了自己体内。就这样，跨越时代集结的勇者们，开始了镇压造反神的战斗。
