城市中突然出现了一座神秘的地下城，许多人在其周边失踪。为了调查真相并解救失踪的人们，守护城市的正义变身女主角——圣幻假面姬-极光·水晶(聖幻仮面姫・オーロラ・クリスタル)与同伴黑江(黒江)一起踏上了探索地下城的旅程。在初步调查后，水晶发现了一台奇怪的核心机器，并将其击破。随后，一个少女的全息投影出现了。
那个少女自称玛茜(マシ)，向水晶解释了地下城出现的前因后果，并告诉她，如果不消灭所有的核心机器并摧毁地下城最深处的核心终端，就无法打倒真正的元凶。玛茜请求水晶阻止德鲁格(ドゥルーグ)的野心，水晶爽快地接受了委托。
水晶在玛茜的指引下，接连破坏了分散的核心机器，开辟了通往地下城最深处的道路。在这个过程中，通过与玛茜的对话，水晶逐渐了解了她们的过去，在理解了事件全貌后，水晶终于要与地下城真正的幕后黑手对峙了……
玩家在操作女主角解锁新区域时，也会遇到新的异常状态和形态。
