宛如永恒的VR宇宙，机械与少女的冒险
现实（最初的宇宙）毁灭后的未来……
虚拟宇宙“第三宇宙”，对于生活在那里的智慧生物与机械们来说，成为了新的现实。
结花(ユーカ)是一个连同现实一起失去了自己以外几乎所有一切的女孩。作为向破坏现实的谜之机械“天使”复仇的武器，她开发了一台特殊的智慧机械。于是，聪慧的绿色机械库莱(クライ)被制造了出来。但不知从何时起，一人一机的关系不再仅仅是兵器开发者与兵器。两人一起聊各种各样的事，一起在各种各样世界中旅行。就像一直以来的朋友一样。尽管如此，少女心中的憎恨之火并未熄灭。然后有一天，结花将下落不明的天使，以及那个天使所管理的虚拟宇宙“第二宇宙”的相关调查交给了库莱，结花自己也下落不明了。
结花消失之后……
为了完美完成重要的朋友托付的任务，库莱正在进行用于自我强化的睡眠，此时，一位名叫谢莉(シェイリィ)的少女造访了他的居住空间“蓝屋”。她似乎是由于库莱和结花之间断开连接的通信系统擅自自我进化，从而找来的优秀助手。从睡眠中醒来的库莱，与谢莉一起，开始了关于第二宇宙和天使的调查。
究竟，两人会发现什么？