“从今天起，你们将成为特殊部队埃德玛(エデマ)的成员。”
某天突然，在没有任何理由说明的情况下，主人公尤希·伊兹米(ユウシ・イズミ)被解雇离开了和达(ワダツ)国的正规军塞克里塔斯(セクリタス)，并被命令加入总统直属的特殊部队“埃德玛”。
被传唤到官邸的尤希，从埃德玛的统括者、总统秘书室长濑影·九条(セツエイ・クジョウ)那里，接到了对反体制组织普罗米修斯(プロメテウス)进行潜入调查的命令。
听说普罗米修斯被认为是首谋的人物，是曾经的“朋友”、也是塞克里塔斯的上司剑正·浦井(ケンショウ・ウライ)后，尤希受到了不小的冲击。
与尤希一样被塞克里塔斯解雇、被命令强制加入埃德玛的搭档光·寺门(コウ・テラカド)一起，尤希将前往普罗米修斯作为据点的边境城市凯恩(カイエン)。
在那里等待着尤希的，是与剑正宿命般的重逢。
在城市情报商纳加尔(ナガル)的协助下，尤希和光伪装成古书店店主和维修工的虚假职业，开始了潜入调查。
不久，随着调查的深入，尤希被卷入了围绕AMATDS的治疗药“卡尔纳(カルナ)”的波及国家的阴谋之中——