舞台是21世纪的日本（可推测为2010年4月下旬）。在这个社会中，被称为“特工”的情报收集业者在暗中活跃，且这种职业在一定程度上也被大众所认知。主人公宗一平时是个极其普通的学生，但他还有着作为顶尖特工“NASTY BOY”的另一面。故事就从他卷入熊野滩频发的大型船舶消失事件的调查开始。
虽然设定让人联想到正统的间谍动作剧，但整体上故事是以往年的热血少年漫画风格展开的。
此外，如果完成本篇所有女主角的攻略剧本，就会进入宗一家系的祖先那须大八朗与咲也的故事，即“Roots”剧本，揭开宗一本人也不知道的真实身份。