主人公泉户裕理(泉戸裕理)是八衢神社的独生子。
他喜欢摆弄摩托车和汽车，想从事一级整备士或设计开发的工作，但对自家神社的事情也感到迷茫，还没有明确的目标。
尽管对未定的将来抱有漠然的不安，他还是和朋友河合亚芽里(河合アメリ)及要三九郎等人一起，在创圣学院讴歌着学园生活。
就在他升入三年级前夕的春假期间。
学院进行操场扩建工程时，出土了一座奇妙的遗迹。
碰巧在场的裕理独自一人，从完全不同的方向对这座遗迹产生了兴趣。
因为那座遗迹上也刻有他至今只在自家神社见过的风格独特的纹样。
八衢神社有着被称为“多由多由大人”的神明传说。
据说那是周边一带的守护神，但如果怠慢对待就会带来不得了的灾祸。
出土的遗迹上也刻有读作“太转依”的文字。
而且，他还发现了在遗迹一带飞来飞去的极其微小的妖怪。
裕理、亚芽里和三九郎担心如果对出土遗迹的处理出错会引发大麻烦，
但身为神主的父亲却斥之为迷信，班主任和学院理事们也不予理睬。
不久，对遗迹的科学鉴定结果出来了。
“在学术上没有价值。”
但是，无论有价值与否，遗迹就是遗迹。
关于是破坏还是迁移的结论虽然仍有探讨的余地，但总之工程将继续进行。
在新学期开始前完成操场扩建工程的日程安排不变。
对此产生危机感的裕理，在夜里和亚芽里、三九郎一起偷偷潜入学院，试图进行御魂迁移。
无论遗迹是被破坏还是怎样，都不能对寄宿其中的神明失礼——这是身为神社独生子特有的裕理式的想法。
然而这竟然真的召唤出了类似神明的存在。
那个如白狐般的存在自称绮久罗美守毗卖(綺久羅美守毘売)，开始向裕理讲述。
讲述被封印在此地的、名为太转依的妖怪们的故事——。
接着迎来了开学典礼的那天。
关于那天晚上潜入学校一事，虽然遭到弗洛雷斯的学生会长如月美冬(如月美冬)的追问，裕理心里却一直挂念着绮久罗美守毗卖讲述的“人与太转依”的故事。
裕理好不容易搪塞过美冬的追问回到家，面前却出现了一个年纪相仿的年轻女孩。
让对突然出现的少女感到困惑的裕理更加惊讶的是，紧接着她突然冒出的一句话——。
“好了，是时候实现跨越五百年的梦想了！
让我们‘作为夫妻’共同开创人类与太转依共存的新世界吧！”
谜之少女泉户真白(泉戸ましろ)的登场，宣告了裕理风云骤变的学园生活。
青梅竹马的亚芽里嫉妒得闹别扭，三九郎则一点忙都帮不上。
本该像妹妹一样长大的小鸟游由美奈(小鳥遊ゆみな)，因为误会了他和真白的关系而讨厌他，美冬则用充满猜疑的目光追着他跑。
而当事人真白却不看气氛，一直黏着他。
她到底是什么人？太转依究竟又是什么？泉户裕理的明天在何方！
