在不久的将来，人类已经放弃了不再适合人类居住的地球。人类开始建造空间站。多亏了Toujou教授发明的允许在太空中无限制停留的新型宇航服，人类最终得以遍布银河系。Charon星成为了新的科学与文化中心。
但很快，一个名为“Giras”的神秘组织登上了舞台。他们的军队试图入侵Charon，与此同时Toujou教授失踪了。他的侄女Lisa决心继续他的研究并查明他的下落；但她自己却被Giras绑架了。她的两个朋友，Kyouhei和Kamui，决定率领对Giras据点的突袭并营救Lisa……
Foxy 2是一款回合制策略游戏。游戏玩法与其前作相似；仅限于大规模战略战斗，玩家在其中指挥不同类型的单位，试图到达敌方基地，保护己方基地，并消灭所有敌方单位。与第一代游戏一样，单位具有明显的优缺点以及攻击范围。游戏包含了更多种类的单位，包括传统步兵、火箭发射器（移动式和固定式）、不同种类的坦克、飞机、直升机等。
剧情比第一代游戏更加错综复杂，战斗之间的过场动画通常包含更多与剧情相关的信息。
