通过起因于超自然研究部夏季合宿的一系列作祟之物骚动，理沙直面了自己的能力，并开始了作为退魔师的学习与修行。
出路也已决定，迎来了毕业之时。
退出社团后仍继续进行超自然研究的美羽，计划了一场毕业旅行。
目的地是，夏天去过的那所废校。
理沙与在合作解决事件过程中成为挚友的七海一起，参加了这次旅行。
作为住宿设施重获新生的木造校舍。
从学校离职的原超自然研究部顾问明日香，在设施内的乡土资料馆担任学艺员工作。
从那位明日香口中，带来了关于山中神祠秘密的话题。
多亏了对新信息兴奋不已的美羽，毕业旅行转眼变成了超自然调查研究。
在同样偏向超自然研究的明日香的同事学艺员彩乃的向导下，大家一起巡游了小镇的遗迹和灵性景点。
理沙和七海原本担心事件之后的情况，但看到在小镇的明日香也平安无事的样子，便松了一口气。
然而那天夜里。
理沙再次被卷入了由作祟之物引发的怪异之中——。
