IZUMO零

时间是明治12年。舞台是国际都市，横滨。在文明化显著的这个时代，为了退治并调伏从异世界来到现世跳梁跋扈的恶灵，一个组织正秘密地建立起来。在名为桐谷五郎的男子的指挥下建立起来的那个组织，名为“警视厅特别班”，又名“内务省直属恶灵对策班”。

因祖母的遗言为了寻找某人而降临横滨的永峰和人。走在海军精英的道路上，却因命令被调任的泽木宗一郎。在武者修行的旅途中现身东京的山田虎之助。仰慕幼时分别的哥哥而追随而来的永峰阳子。为了寻找夫婿而来到东京的上杉美园。为了寻找素未谋面的父亲而飞奔出琉球的玉城萌夕。

经过各自不同的道路来到这个组织的6名男女。他们一边锻炼自己，一边解决由恶灵引起的诸多事件。不久后逐渐显露真容的敌人。从幕末动乱开始的诸多因缘，以及与此交织在一起的异世界的阴影，故事将化作巨大的奔流向前推进。