结束了IZUMO2的冒险，回到了现代的猛等人。
本以为终于能回到和平的生活，却又被再次从根之国前来的咲夜(サクヤ)引发了一场大骚动。
而且一个名叫琼琼杵的神秘少年也跟她在一起，据他所说，自己是咲夜的未婚夫。
不情愿的咲夜一下子抱住了猛，宣言“这个人就是我所爱的人”，事态陷入了更加混沌的漩涡之中。
此外，在一触即发状态的猛与琼琼杵之间，留在了根之国的刚和卑弥呼(ヒミコ)竟然也出现了……
好不容易收拾了那个场面，咲夜和琼琼杵暂时寄住在了猛所居住的塔马家。
而且，在猛的祖父六介的安排下，咲夜他们竟然也要转入出云学园！
随后接连现身的新角色们。以及在现代满溢而出的恶灵与精灵。
就这样，和平的日子草草地宣告结束，波澜壮阔的学园生活拉开了帷幕。
